计算机科学与技术系成立于2005年，是在当时的信息与教育技术中心的软硬件及师资基础上成立的。信息与教育技术中心（以下简称信息中心）是由1987年成立的计算中心逐步发展形成的。信息与教育技术中心承担了学校的网络建设与管理、信息化建设、多媒体教室维护，同时还承担着全校的计算机基础课程，为数学系和电子系开设程序设计类、网络技术类和课件制作类课程的教学任务，以及全国计算机等级考试、安徽省计算机水平考试、思科、红帽、微软、ITAT等各类IT认证考试的组织工作。1998年由信息中心设计并施工，建成了我校校园网，成为安徽省第三个接入Internet的高校。信息中心多年来一直积极开展校内培训和面向滁州地区的社会服务，为滁州市企事业单位提供网络建设与优化、信息技术应用能力培训等技术服务。在多年的校园网建设管理和社会服务的实践中，信息中心培养了一支理论与实践并重的应用型师资队伍。

2003年，信息与教育技术中心凭借多年的网络技术实践基础，成功申报了计算机网络技术专业，同年初步开展了网络技术的教学研究，并围绕计算机网络技术专业，开展课程建设和教学改革。2006年，本专业第一届专科毕业生一次就业率达100%，就业跟踪表明这些同学普遍受到用人单位的好评。2005年，学校在信息中心的基础上，组建了计算机科学与技术系，实行“一个机构，两块牌子”的合署办公运作形式；同年，计算机系成功申报了计算机科学与技术本科专业。2007年，在总结了计算机网络技术和计算机科学与技术专业的办学经验基础上，计算机科学与技术系成功申报了网络工程本科专业。同年，根据滁州学院学科和专业建设发展的需要，正式成立了以陈桂林教授为带头人的网络工程教学团队，全面负责网络工程学科及专业的教育教学改革与专业建设工作，具体包括该学科的教育教学改革研究、课程及课程体系的规划建设、实践教学体系的构建与实施等方面。